Chacune de ces régions compte plusieurs départements, appelés en japonais 都道府県 ou todōfuken, sauf Hokkaidō qui est à la fois une île, une région et un département.

Au total, le Japon dénombre 47 départements, lesquels sont généralement appelés en anglais "prefecture".  

Cependant, l'origine française qui a présidé à la création de ces divisions administratives pendant la période Meiji (entre 1868 et 1912) justifie plutôt l'usage du mot «département» en français. C'est d'ailleurs la traduction officielle du ministère français des Affaires étrangères.

Pour les Japonais, le mot "prefecture" est une mauvaise traduction de l'anglo-américain pour qui le sens de "department" (un ministère) ne coïncide guère avec le sens en japonais (circonscription territoriale) similaire au département en France.